与风机盘管连接的冷、热水管的进水管上，可安装Y型水过滤器，以清除管道中的机械杂质和污泥，以免风机盘管堵塞。
风机盘管与冷、热水管的连接应按”下送上回”的形式安装，以进步空气处理的热交换性能。
卧式明装风机盘管安装进出水管时，可在地面上将进出水管接出机外，吊装后再与管道连接，也可在吊装后，将面板和凝聚水盘取下，再进行连接。立式明装风机盘管安装进出水管时，可将机组风口、面板取下进行安装。
风机盘管安装位置必须正确，螺栓配置垫片。风机盘管风机盘管与风管连接处应用橡胶板连接，保证严密不漏。
暗装卧式的风机盘管应有支、吊架固定，为便于拆卸，维修和更换风机盘管，土建顶棚应设置比暗装风机盘管四周大250mm的活动顶棚，活动顶棚不得有龙骨挡位。
安装时，需留意机组与供回水管的保温质量，采购风机盘管，防止产生凝聚水，机组凝聚水盘应排水通畅，卧式暗装风机盘管，机组的排水应有3%的坡度流向指定位置。
风机盘管使用一段时间后，翅片与叶轮上会积有尘土与病菌，风机盘管，当尘土达到一定厚度时，翅片散热效果将会受到影响，从而导致房间温度达不到要求，另外长期不清洗的风机盘管会滋生多种病菌，这些病菌会引起人体呼吸道上的疾病，所以建议风机盘管应定期清洗。
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