根据国家税务局发布的京国税发[2008]339号相关文件，北京的企业遇下列情形则需要做所得税汇算清缴：
(一)当年亏损超过10万元(含)的纳税人，附送年度亏损额的鉴证报告;(除海淀区的企业无论亏损多少，只要是亏损就必须做企业所得税汇算清缴审计，之外);
(二)当年弥补亏损的纳税人，附送所弥补亏损年度亏损额的鉴证报告，以前年度已就亏损额附送过鉴证报告的不再重复附送;
(三)本年度实现销售(营业)收入在3000万元(含)以上的纳税人，汇算清缴收费，附送当年所得税汇算清缴的鉴证报告;
(四)连续三年亏损的企业;
(五)实行查帐征收方式的企业所得税纳税人，凡发生下列事项，应附送中介机构出具的涉税鉴证报告。
1.企业财产损失。
2.房地产开发企业年度纳税申报。
《中华人民共和国企业所得税法》第五十四条规定：企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
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自2008年两税合并实施后，《国家税务总局关于印发的通知》(国税发[2000]84号)被废止失效，而新企业所得税法第八条中对于税前扣除的规定却极为简单：
“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”铂略咨询调查分析，这一规定在2008年引起了造成了诸多税企争议。何谓合理?何谓与取得收入有关?这让跨国企业的财税经理人们大感踌躇。有鉴于此，国家税务总局拟在2014年发布《企业所得税税前扣除管理办法》。
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汇算清缴地点
投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。
投资者兴办两或以上企业时的汇算清缴
投资者兴办两个或两个以上企业的，应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款。年度终了后办理汇算清缴时，区别不同情况分别处理：
投资者兴办的企业全部是个人独资性质的，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报，并依所有企业的经营所得总额确定适用税率，以该企业的经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴;
投资者兴办的企业中有合伙性质的，投资者应向经常居住地主管税务机关申报纳税，办理汇算清缴，但经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地为办理年度汇算清缴所在地，并在5年内不得变更。5年后需要变更的，汇算清缴怎么收费，须经原主管税务机关批准。
投资者兴办两个或两个以上企业的，汇算清缴，向企业实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报时，应附注从其他企业取得的年度应纳税所得额;其中含有合伙企业的，应报送汇总从所有企业取得的所得情况的《合伙企业投资者个人所得税汇总申报表》，同时附送所有企业的年度会计决算报表和当年度已缴个人所得税纳税凭证。
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