滞留票的税收处理：
（1）FA票丢失未认证。若超过180天未认证，航天精密大厦一般纳税人，则形成滞留票，无法抵扣相应进项税额，企业可以根据留存的FA票联或销货方提供的记账联复印件进行所得税前成本费用的扣除。
（2）销货方拒绝提供FA票。若FA票开具后180天购货方依然未收到FA票，则无法抵扣相应进项税额，相应的成本亦无法进行扣除。
（3）两头不入账偷逃税款。通常情况下滞留票信息极易取得，税务机关通过抄报税数据与认证数据比对即可发现。若发现利用滞留票两头不入账进行偷税的情形，一般纳税人记账，除了补缴相应的增值税税款、所得税税款、滞纳金，查补罚款以外，还有可能面临承担刑事责任的风险。
（4）收票方为小规模纳税人或其他没有资格取得增值税专用FA票的企业。《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条规定，纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用FA票的购买方开具增值税专用FA票，并在增值税专用FA票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，申请一般纳税人，不得开具增值税专用FA票：A.向消费者个人销售货物或者应税劳务的。B.销售货物或者应税劳务适用免税规定的。《国家税务总局关于修订〈增值税专用FA票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第十条规定，商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品，不得开具专用FA票。销售免税货物不得开具专用FA票。
对于购买方为小规模纳税人或非增值税纳税人的情形，只要该笔货物销售交易不属于以上情形，销货方就可以开具增值税专用FA票。但购货方取得后不得抵扣进项税额，相应的成本费用可以在所得税前全额扣除。
另外，普通FA票也有可能存在滞留的情形。虽然普通FA票没有抄税报税信息，一般纳税人公司注册，普通FA票的滞留信息难以取得，但随着总局的《商品和服务分类与代码》的使用以及金税三期的运行，农产品收购FA票等据以计算抵扣的滞留票信息的取得将不费吹灰之力。
问：增值税专用FA票的认证期限是如何规定的？认证通过的专用FA票是否可自行选择抵扣时间？
答：根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定：“一、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用FA票、公路内河货物运输业统一FA票和机动车销售统一FA票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
……
三、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用FA票、公路内河货物运输业统一FA票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。”
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